无菌室（接种室）或接种箱
要培养微生物，首先就需要接种，而接种必须在无菌条件下进行。这就需要建造无菌室或接种箱，为接种创造必要的条件。
无菌室可以建在实验室内，作为实验室的一个小套间。面积为4～5平方米，高2.5米左右。无菌室外应连接一个小缓冲间，面积为2平方米左右。缓冲间和无菌室的门不要建在同一条直线上，以减少空气中杂菌进入无菌室。
无菌室和缓冲间应作到清洁、密闭性好，室内最好有换气设备，以便在工作结束后更换室内空气。两个房间中应各安装l盏30瓦紫外线灯管和照明用的日光灯，无菌室的紫外线灯应悬吊在工作台的正上方，距台面1米，以发挥最大的消毒功能。无菌室内的工作台等用具用品，应经常保持清洁，避免杂菌污染。
如果没有条件建造无菌室，可以用木制的接种箱代替。接种箱结构简单，容易制作，其正面安装玻璃，便于观察。箱前方开两个圆洞各接连1只套袖，操作时将两臂从套袖伸入箱内进行操作。箱内也应悬吊一盏紫外线杀菌灯和一盏日光灯。
恒温箱
用于恒温条件下培养微生物。恒温箱的调温范围一般为20～45℃之间。培养酵母菌和霉菌时，一般可调至28℃，培养细菌和放线菌时，可根据菌种的生长温度进行调温，一般为30～37℃。
电烘箱（干燥箱）
用于玻璃器皿等物的烤干和灭菌。电烘箱的调温的范围一般为40～180℃，对玻璃器皿等物进行灭菌时，可将温度调至160℃，灭菌4小时，即可将器皿上的微生物全部杀死。灭菌完毕后，在电烘箱温度还没有降到50～70℃以前，不要打开电烘箱，以免器皿破裂。
冰箱
用于保藏菌种和需要低温保存的药品。
高压蒸汽灭菌锅
是微生物学实验中最重要的灭菌工具，用于一般培养基和玻璃器皿等物的灭菌。在15磅/英寸2压力下（121.6℃），灭菌15～30分钟，可以杀死包括芽孢在内的全部微生物。
离心机
用它使菌体和液体培养基分开。一般多使用普通小型“蘑菇”式离心机，最高转数为4000转/分，用电力启动。如果没有条件置备电动离心机，可用手摇离心器代替。
接种针
用于接种和分离微生物。根据不同用途做成针状、环状、钩状、刀状和铲状等。接种针由针头和针柄两部分组成。针头由白金或铬镍合金（细电炉丝）制成，长约7厘米。针柄可用玻璃棒或铝管制成，长约20厘米。将针头烧结在针柄上即成。
天平
用于称量各种试剂。托盘天平或扭力天平均可，感量应为0.01克。
酒精灯
用于接种时对接种工具进行灭菌。酒精灯火焰上部热度最高，应利用这最高温度区烧灼接种针或试管口。
显微镜
用于观察微生物的形态结构，显微镜应配备油镜头，以便能看清细菌的形态。
常用玻璃器皿
(1)培养皿（平皿）：用于盛放固体培养基，是培养微生物和观察微生物的主要器皿。一般直径为9厘米。可根据活动规模准备若干个。
(2)试管：用于盛放斜面培养基（固体），是接种微生物的主要器皿。常用的有两种。较大的长220毫米，直径20毫米；较小的长150毫米，直径15毫米。可根据需要选用其中一种并准备若干个。
(3)锥形瓶：用于盛放液体培养基。是用液体培养基培养微生物的主要器皿。一般容量为50、100、250、300、500、1000毫升。可根据活动需要选择和准备。
(4)量筒、量杯：用于定量量取各种液体。
(5)移液管（吸管）：一般容量为0.5、1、5、10毫升等，可根据需要选择和准备。
(6)其它：烧杯、漏斗等。
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